簡単に言えば、

「将来的に主要なエネルギー源として用いることが期待されている物質Hの製造において、従来の方法（既知の発明S）ではCO2の排出という問題があったが、本発明の方法によればほぼCO2の排出なしに物質Hを製造できる。」（わかるヒトは何に関する発明かわかりますね、これで。）
という発明を、
「発明Sは現在広く用いられており、効率も高い。ゆえに本発明に有用性、産業利用上の可能性は認められない」
とはどういう了見だろうか？
いや、そういう拒絶理由通知だったかまでは文書見せてもらったわけではないから知らんがね。
少なくとも聞いた話では従来法の優位性を連々書かれていたらしい。
とにかく、特許法の趣旨やこれまでの特許のあり方を考えれば、
本発明が実用化の域に達していなくとも、将来的に産業の発達に貢献することは十分にありうると判断されるべき代物である。

・・・実際はそんなに簡単なモノではないけど（笑）

また、先行特許Xとは異なる機構で物質Hの製造を実現したにもかかわらず、
先行特許Xと比して進歩性を認めないと言うのは無理があるのではないか？
というか同じ目的の先行特許Xが存在するのに、
既存の方法と比して優位性が認められないと言うのはナンセンスであろう。